咖啡的颜色总是深浅不一，虽然都叫黑咖啡，但有些单品咖啡却会呈现浆果红色。那么是什么决定了萃取的咖啡的颜色？颜色对风味有什么影响？
Roast烘焙
烘焙的过程会让咖啡豆中的化合物形成特别的咖啡香气以及外层的颜色。这些带有香气和颜色特征的化合物，主要是由碳水化合物(指糖类与带自由氨基的氨基酸)和蛋白质之间发生的美拉德反应形成的。这些深色化合物被称为类黑素，它们占咖啡萃取中的不可溶解物质的25%。
类黑素一般被定义为棕色、含氮的大分子化合物，它们的化学结构极其复杂。虽然生豆中的物质成分会在类黑素的形成中起到一定的作用，但是生豆中实际的含有物质在很大程度上仍然是未知的。除了美拉德反应，绿原酸的加入也在咖啡中可萃取的类黑素形成上起着重要的作用。类黑素会引起人们的兴趣，不仅因其在萃取出的咖啡液的颜色上发挥的作用，而且由于其风味结合性能、抗氧化能力和萃取中的反应性。
类黑素是人们所知道的咖啡颜色的主要决定因素（虽然咖啡实际上是一种水果的种子，且生豆是呈现绿色），但这并不是全部因素。对于类黑素的形成，正如前面提到的，它们的化学结构非常复杂，形成这种分子的前身也起着十分重要的作用，根据之前一项研究的说法，到目前为止，对黑色素的结构提出了三个主要的理论：
首先，类黑素是一种低分子量的有色物质，与蛋白质中的游离氨基交联，形成高分子量有色结构；第二，类黑素是由缩聚呋喃状和吡咯状结构形成的，重复单元的大分子结构；第三，类黑素蛋白结构主要由在美拉德反应早期形成的糖降解产物构建，由氨基化合物聚合和连结。
Green生豆
果实发育初期，外果皮的颜色是绿色的，因为叶绿体（叶绿素）的存在，然后随着果实成熟而消失变成红色。然而，颜色的成熟取决于咖啡品种，但最常见的是红色或黄色，红色的外表是来自与植物本身的花青素色素，而黄色的肤色则归因于植物本身的叶黄素。在植物中，叶黄素是最丰富的类胡萝卜素，是由植物和藻类以及几种细菌和真菌产生的黄色、橙色和红色有机色素。植物本身的显性基因会决定了咖啡果实的颜色。
花青素属于酚类化合物，发生在高等植物的所有组织中，包括叶、茎、根、花和果实，无味，中等涩感。人们曾经错误地将酚类化合物归类为单宁，虽然咖啡中有单宁，但它们不是主要的单宁。酚类化合物主要是在某些肉桂酸和奎宁酸之间形成的酯类物质，统称为绿原酸。
相信除了绿原酸，花青素也会对咖啡液的类黑素的形成发挥重要作用。其主要影响过程，可能在于生豆处理方式：“在水洗处理的过程中，咖啡果皮在干燥前被去除，但仍然处于新鲜的状态，其颜色因脱壳过程中果肉果皮受损细胞释放的酶的作用而迅速降解，或由其他氧化剂(如氧气）释放。因此，在这一过程中浪费了大量的天然着色剂。”
鉴于这些色素是水溶性的，这也是为什么水洗处理的咖啡往往萃取出的咖啡液颜色会更澄清，且颜色更浅，而日晒处理的咖啡的颜色更深，透明度更低。花青素在水洗过程中被漂白，而在日晒过程中以某种方式渗透进咖啡豆。因此，在咖啡豆被烘焙的过程中，美拉德反应时存在的浓度，会导致产生不同分子量的类黑素。
Brew萃取
咖啡萃取也是决定咖啡液特性的一个基本过程。在此过程中，水提取了咖啡中的可溶性成分，包括绿原酸、咖啡因、烟酸、可溶性类黑素和挥发性亲水性化合物。咖啡液的多相性质、挥发性和非挥发性化合物浓度决定了不同咖啡饮料的理化和感官特性。萃取咖啡的过程中，有各种变量和参数在起着重要的影响作用，可以改变最终的咖啡。
咖啡液颜色的浓淡也取决于咖啡中的可溶解物质的含量，越细的粉越容易萃取，咖啡中的可溶解物质越多，从而冲煮的咖啡越深；相反越粗的粉越不容易被萃取，导致咖啡看上去“清汤寡水”。
第二种可能就是冲泡的水流过大，冲泡的时间过于短，咖啡里面的可溶性物质还没来得及萃取出来，一看水量已经够了，只能结束冲煮，最终得到的就是淡淡的咖啡。另一种方式是，把咖啡分为多段冲煮，每段的水量是平均的，每一段结束之后相隔10秒再进行下一段，直到完毕，时间控制在2分钟左右，这样做出来的咖啡浓度也能有一个质的改变。
但是萃取中还有一个非常重要的参数是水质，或者说水的溶解性可以带出的物质。因为人们所喝到的风味物质都是从咖啡颗粒中萃取出来的，可是如果想萃取出好喝的咖啡，最好的媒介就是水，而水的溶解性决定了可以萃取的物质的下限。
水质的TDS（溶解性总固体）越高，对咖啡的萃取能力就越低，因为水中已经有部分饱和物质，用这样的水冲煮咖啡，就不太容易过萃；而TDS越低的水质便越容易过萃。有的物质需要特定的TDS才能萃取出来，有的物质在特定的TDS中萃不出来，水的TDS很大程度会决定在这份咖啡颗粒中能萃出物质的程度，决定咖啡液的颜色.。